Hệ điều hành của Oppo Neo 3 được Oppo phát triển dựa trên hệ điều hành Android 4.2 Jelly Bean. Đây có thể là điểm khác biệt của Oppo Neo 3 so với các đối thủ khác cùng phân khúc song lại cũng chính là điểm yếu của nó khi các sản phẩm cùng phân khúc như Zenfone 4 hay Zenfone 5 cũng đã được cài đặt sẵn Android 4.3 cùng khả năng nâng cấp lên Android 4.4 KitKat trong tương lai.
May sao, giao diện tùy biến người dùng Color OS do OPPO tự phát triển phần nào đã "gỡ gạc" lại điểm yếu này. Đây là một giao diện khá đơn giản với các biểu tượng được thiết kế nhẹ nhàng, vuông vức, màu sắc thanh nhã và "chêm" thêm một chút phong cách thiết kế phẳng theo xu thế.
Giao diện Color OS trên Android 4.2 của Oppo Neo 3
Bên cạnh đó, thanh cài đặt nhanh cũng được tinh chỉnh gọn lại và nhiều chức năng hơn. Trong đó, nổi bật có tính năng "Cử chỉ & Chuyển động" dùng để cài đặt kích hoạt nhanh các ứng dụng thường dùng bằng thao tác vẽ trên màn hình những hình vẽ định sẵn. Thậm chí, ngay cả khi màn hình đã tắt, nó vẫn có tác dụng. Trải nghiệm thực tế cho thấy, tính năng này khá mới mẻ và tiện dụng với người dùng.
Các chế độ điều khiển bằng cử chỉ
Ngoài ra, các dịch vụ kho dữ liệu trực tuyến (Cloud), bảo mật, sao lưu dự phòng ứng dụng, dữ liệu... của Color OS cũng tỏ ra hữu ích trên một smartphone tầm thấp như Neo 3. Dẫu vậy, tâm lý đề phòng dịch vụ Cloud, bảo mật… từ một nhà sản xuất Trung Quốc cũng là điều khó tránh khỏi với người dùng
